1. Có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế như: không kê khai thuế, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, không chấp hành việc thanh tra thuế, mua bán hàng hóa không đúng giá thị trường,....

2. Hạch toán sổ sách kế toán không chính xác hoặc không trung thực, ...

3. Ghi chép sổ sách kế toán không đầy đủ hoặc không đúng với thực tế

Về nguyên tắc, thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào thì được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó (khoản 8 Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC ).

Việc khai bổ sung hồ sơ thuế, thực hiện theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP .

Đồng thời, số thuế nhập khẩu bị ấn định cũng được tính vào chi phí hợp lý, nếu đáp ứng các điều kiện quy định tại Điều 4 Thông tư 96/2015/TT-BTC .

Theo đó, nếu Công ty bị cơ quan hải quan ấn định thuế GTGT khi kiểm tra sau thông quan nhưng không bị xử phạt về gian lận, trốn thuế thì số thuế GTGT đã nộp vẫn được khấu trừ toàn bộ.

Theo quy định tại khoản 4 Điều 6 Thông tư 105/2010/TT-BTC , giá tính thuế tài nguyên do UBND tỉnh quy định trong Bảng giá được dùng làm căn cứ tính thuế tài nguyên trong các trường hợp sau: giá bán ghi trên hóa đơn thấp hơn giá tính thuế tài nguyên do UBND tỉnh quy định; tài nguyên khai thác không bán ra mà đưa vào chế biến sản phẩm khác; hoặc trường hợp không có đủ căn cứ xác định giá bán tài nguyên (như thiếu sổ sách, chứng từ, không xác định được chính xác sản lượng...).

Đồng thời, tại khoản 4 Điều 6 Thông tư 105/2010/TT-BTC nêu trên có quy định về nguyên tắc xây dựng giá tính thuế tài nguyên của UBND tỉnh là "phù hợp với hàm lượng, chất lượng, sản lượng của từng loại tài nguyên, tỷ lệ thu hồi tài nguyên và giá bán tài nguyên trên thị trường".

Do vậy, giá tính thuế tài nguyên do UBND tỉnh quy định nếu được xác định phù hợp với giá bán trên thị trường thì sẽ là một trong những căn cứ để ấn định thuế đối với các trường hợp có giá bán tài nguyên thấp hơn giá của UBND tỉnh.

Trường hợp Công ty đã bị cơ quan Hải quan ấn định thuế sai thì được yêu cầu điều chỉnh và hoàn số thuế GTGT bị truy thu theo quy định tại Điều 49, Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC

Theo đó, khoản thuế GTGT khâu nhập khẩu bị ấn định vẫn được khấu trừ toàn bộ theo quy định tại khoản 6 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC

Tuy nhiên, chỉ được hạch toán vào chi phí hợp lý đối với tiền thuế nhập khẩu bị ấn định. Riêng số tiền nộp phạt về hành vi khai sai và số tiền chậm nộp không được chấp nhận

Theo đó, trường hợp Công ty bị cơ quan hải quan ấn định thuế nhập khẩu và thuế GTGT khâu nhập khẩu do khai sai mã HS, nếu không bị phạt về tội gian lận trốn thuế thì số thuế GTGT bị ấn định được khấu trừ toàn bộ

Đối với số thuế nhập khẩu bị ấn định thì được hạch toán vào chi phí hợp lý, nếu đáp ứng điều kiện tại Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC

Theo đó, trường hợp Công ty có nộp số thuế GTGT bị cơ quan hải quan ấn định tại khâu nhập khẩu do khai sai mã HS và sử dụng C/O chưa hợp lệ nhưng không bị phạt tội gian lận trốn thuế thì được khấu trừ toàn bộ, nếu đáp ứng điều kiện tại Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC và khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC

Đối với số thuế nhập khẩu bị ấn định thì được hạch toán vào chi phí hợp lý, nếu đáp ứng điều kiện tại Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC

Theo quy định tại Khoản 1.2 Điều 5 Thông tư số 66/2010/TT-BTC , khi thực hiện các giao dịch mua bán giữa các bên có mối quan hệ liên kết, cần xác định một giá trị mua bán phù hợp với giá thị trường để xác định doanh thu, mặc dù trên thực tế giá mua bán có thể thấp hơn.

Trường hợp nêu tại Công văn này, Công ty Sài Gòn - Kymdan có cho Công ty Kymdan Australia (là Công ty con) vay một khoản vay với lãi suất 0%. Do Kymdan Australia là Công ty con nên giao dịch cho vay này thuộc diện bị giám sát về giao dịch liên kết theo Thông tư số 66/2010/TT-BTC . Theo đó, mặc dù cho vay với lãi suất 0%, Công ty Sài Gòn - Kymdan vẫn phải tự ấn định một "thu nhập" về khoản vay có lãi suất để trích nộp thuế TNDN.

Về thuế GTGT, mặc dù Khoản 8 Điều 4 Thông tư 06/2012/TT-BTC chỉ chấp nhận các khoản vay của tổ chức tín dụng thuộc diện được miễn tính thuế GTGT, các khoản vay ngoài ngân hàng không thuộc diện này nên phải chịu thuế GTGT 10%. Tuy nhiên, ngày 11/12/2012 sau đó Bộ Tài chính đã có Công văn số 17164/BTC-TCT cho phép miễn tính thuế GTGT đối với các khoản vay ngoài ngân hàng nếu giao dịch cho vay không bị pháp luật cấm (tức không vượt quá 150% so với lãi suất cơ bản đồng Việt Nam)

Nếu quá thời hạn 90 ngày vẫn chưa nộp bổ sung tiền thuế bị ấn định, doanh nghiệp sẽ bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế theo Điều 124, Điều 125 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 .

Tuy nhiên, lưu ý, việc chưa nộp tiền thuế ấn định không thuộc các trường hợp bị từ chối thụ lý đơn khiếu nại theo quy định tại Điều 11 Luật Khiếu nại số 02/2011/QH13 . Theo đó, cơ quan Hải quan không có quyền từ chối đơn khiếu nại với lý do doanh nghiệp chưa nộp tiền thuế ấn định.

Theo đó, nếu Công ty cho người nhà của chủ sở hữu vay tiền với lãi suất 0% (thấp hơn lãi suất thông thường trên thị trường) sẽ bị ấn định thuế.

Trường hợp Công ty thuê văn phòng của cá nhân, nếu cá nhân này có mức doanh thu trên 100 triệu đồng/năm thì phải kê khai nộp thuế GTGT và thuế TNCN theo quy định tại Thông tư 92/2015/TT-BTC . Trong đó, tỷ lệ tính thuế GTGT và thuế TNCN đều là 5%.

Theo đó, trường hợp Công ty ký hợp đồng với các cổ đông sáng lập để cho thuê tài sản, nếu giá cho thuê không phù hợp với giá giao dịch thông thường trên thị trường thì sẽ bị ấn định thuế.

Theo đó, trường hợp Công ty ký hợp đồng cho Công ty khác vay vốn nhưng không tính lãi (lãi suất 0%) thì bị xem là giao dịch không theo giá thị trường và thuộc diện bị ấn định thuế.

Trường hợp Công ty chuyển khoản cho vay này thành vốn góp vào Công ty đi vay thì việc hạch toán kế toán thực hiện theo quy định tại Điều 58, Điều 67 Thông tư 200/2014/TT-BTC .

Theo Tổng cục Thuế, việc một doanh nghiệp cho doanh nghiệp khác vay vốn với lãi suất 0% bị xem là thực hiện hoạt động trao đổi không theo giá giao dịch thông thường trên thị trường. Do đó, thuộc trường hợp bị ấn định thuế theo quy định tại điểm e khoản 1 Điều 37 Luật quản lý thuế nêu trên.

Theo quy định tại Điều 41 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 , trường hợp người nộp thuế không đồng ý với số thuế bị ấn định thì vẫn phải nộp, nhưng có quyền khiếu nại hoặc khởi kiện

Cụ thể, Công ty Hai Lúa ký hợp đồng xây dựng nhà thờ gia tộc cho ông Đặng Phước Thành nhưng do không có bản vẽ thiết kế, không có dự toán công trình nên Công ty không có căn cứ lập biên bản nghiệm thu, xuất hóa đơn và kê khai nộp thuế

Theo Tổng cục Thuế, trường hợp này cơ quan thuế sẽ ấn định doanh thu để tính thuế GTGT

Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp khai gian và bị truy thu thuế GTGT theo Quyết định xử phạt của cơ quan Hải quan thì số thuế bị truy thu vừa không được khấu trừ, vừa không được hạch toán chi phí (Công văn 3046/TCT-KK ngày 27/7/2009)

Theo đó, trường hợp Công ty bị cơ quan Hải quan ấn định thuế GTGT đối với nguyên liệu nhập khẩu để gia công (do quá hạn hoặc còn dư thừa), đồng thời bị xử phạt hành chính thì không được kê khai khấu trừ

Theo đó, mặc dù việc cho vay, mượn chỉ dựa trên thỏa thuận bằng Biên bản, không tính lãi, bên cho vay vẫn phải tự ấn định một khoản lãi tiền vay để tính thuế GTGT (10%) và hạch toán vào thu nhập khác để chịu thuế TNDN. Trường hợp khoản vay là ngoại tệ thì quy đổi theo tỷ giá liên ngân hàng.

Điều cần lưu ý là khoản thuế GTGT phát sinh trong trường hợp này không được hạch toán vào chi phí hợp lý như các khoản thuế GTGT khác