Mặc dù tại thời điểm này Thông tư số 111/2013/TT-BTC vẫn còn hiệu lực, tuy nhiên, theo Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật thì với cùng một vấn đề mà có quy định khác nhau thì căn cứ văn bản có cấp ban hành cao hơn.

Đối với các chứng từ khấu trừ thuế bản giấy mua của cơ quan thuế hoặc tự in còn tồn đến thời điểm ngày 30/6/2022, doanh nghiệp phải ngừng sử dụng và hủy bỏ (gạch chéo, lưu giữ tại quyển và điền vào cột xóa bỏ trong Bảng kê thanh toán biên lai mã CTT25/AC ).

Đối với chứng từ khấu trừ thuế điện tử, doanh nghiệp được tự xây dựng phần mềm sử dụng, tuy nhiên cần đảm bảo các nội dung bắt buộc theo quy định tại khoản 1 Điều 32 Nghị định 123/2020/NĐ-CP .

Hồ sơ Thông báo phát hành chứng từ khấu trừ thuế điện tử nộp cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý thông qua Cổng thông tin thuedientu, theo mẫu 02/PH-BLG Phụ lục IA ban hành kèm Nghị định 123/2020/NĐ-CP hoặc qua Cổng hcmtax.

Đồng thời, doanh nghiệp cũng không phải tuân theo chuẩn định dạng nào mà được tự thiết kế phần mềm để sử dụng chứng từ khấu trừ thuế điện tử, chỉ cần đảm bảo các nội dung bắt buộc theo quy định tại khoản 1 Điều 32 Nghị định 123/2020/NĐ-CP .

Kể từ 1/7/2022, cơ quan thuế sẽ dừng bán chứng từ khấu trừ thuế bản giấy. Trong thời gian chưa kịp triển khai chứng từ khấu trừ điện tử, doanh nghiệp có thể tiếp tục sử dụng các chứng từ còn tồn đã mua của cơ quan thuế hoặc sử dụng chứng từ tự phát hành.

Về biên lai điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP , do Tổng cục Thuế đang trong quá trình xây dựng định dạng chuẩn dữ liệu biên lai điện tử nên trước mắt vẫn tiếp tục sử dụng biên lai giấy hoặc biên lai điện tử mẫu cũ theo Thông tư 32/2011/TT-BTC .

Đồng thời, doanh nghiệp được tự thiết kế phần mềm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử nhưng phải đảm bảo đầy đủ các nội dung bắt buộc theo khoản 1 Điều 32 Nghị định 123/2020/NĐ-CP , có thể tham khảo mẫu 03/TNCN tại phụ lục III Nghị định 123/2020/NĐ-CP .

Các nội dung trên chứng từ khấu trừ thuế điện tử bắt buộc phải có gồm:

a) Tên chứng từ khấu trừ thuế, ký hiệu mẫu, ký hiệu, số thứ tự của chứng từ khấu trừ thuế;

b) Tên, địa chỉ, MST của người nộp;

c) Tên, địa chỉ, MST của người nộp thuế (nếu người nộp thuế có mã số thuế);

d) Quốc tịch (nếu người nộp thuế không thuộc quốc tịch Việt Nam);

đ) Khoản thu nhập, thời điểm trả thu nhập, tổng thu nhập chịu thuế, số thuế đã khấu trừ; số thu nhập còn được nhận;

e) Ngày, tháng, năm lập chứng từ khấu trừ thuế;

g) Họ tên, chữ ký điện tử của người trả thu nhập.

Trong thời gian doanh nghiệp chưa kịp triển khai chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử thì có thể sử dụng chứng từ giấy tự phát hành, không cần mua của cơ quan thuế.

Định dạng chứng từ khấu trừ thuế điện tử do doanh nghiệp tự xây dựng, tuy nhiên phải đảm bảo có đầy đủ các nội dung bắt buộc theo quy định tại khoản 1 Điều 32 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (như: tên chứng từ; ký hiệu; tên, địa chỉ, MST của người nộp; thời điểm trả thu nhập; tổng thu nhập chịu thuế; số thuế đã khấu trừ...) và phải có chữ ký số. Mẫu tham khảo 03/TNCN ban hành tại Phụ lục III Nghị định 123/2020/NĐ-CP .

Đối với các chứng từ khấu trừ thuế bản giấy còn tồn tại thời điểm ngày 1/7/2022, doanh nghiệp phải thực hiện gạch chéo, lưu giữ và kê vào cột xóa bỏ trong kỳ báo cáo tình hình sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN (mẫu CTT25/AC) gửi đến CQT quản lý trực tiếp theo quy định.

Theo đó, trường hợp cá nhân ký hợp đồng thuê khoán có yêu cầu Công ty cấp chứng từ khấu trừ thuế cho các năm trước (đã kết thúc hợp đồng và khai nộp thuế) thì Công ty vẫn phải cấp chứng từ khấu trừ thuế theo yêu cầu của cá nhân.

Ngoài ra, hình thức cấp chứng từ (cho mỗi lần khấu trừ hay cho nhiều lần khấu trừ trong kỳ tính thuế) cũng phải thực hiện theo yêu cầu của các cá nhân bị khấu trừ thuế.

Tuy nhiên, doanh nghiệp không phải thông báo với cơ quan thuế về việc cá nhân có hay không có yêu cầu cấp chứng từ khấu trừ thuế.

Khi cấp chứng từ khấu trừ thuế, các chỉ tiêu [16], [17], [18] được ghi như sau:

+ Chỉ tiêu [16] Tổng thu nhập chịu thuế đã trả, là tổng thu nhập chưa trừ các khoản giảm trừ như: giảm trừ gia cảnh, đóng bảo hiểm, từ thiện, nhân đạo,...

+ Chỉ tiêu [17] Số thuế TNCN đã khấu trừ, là số tiền thuế đã khấu trừ theo biểu lũy tiến hoặc tỷ lệ 10%.

+ Chỉ tiêu [18] Số thu nhập cá nhân còn nhận được, bằng (=) chỉ tiêu [16] - chỉ tiêu [17].

Đối với người lao động bị khấu trừ thuế TNCN theo tỷ lệ 10%, có thể cấp riêng chứng từ cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc cấp chung 01 chứng từ cho nhiều lần khấu trừ trong một kỳ tính thuế.

Đối với người lao động bị khấu trừ thuế TNCN theo biểu lũy tiến, chỉ được cấp 01 chứng từ trong một kỳ tính thuế (điểm b khoản 2 Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC ).

Nếu sau khi kê khai bổ sung hồ sơ thuế mà phát sinh số thuế TNCN nộp thừa thì được giải quyết tiền thuế nộp thừa theo quy định tại khoản 2 Điều 33 Thông tư 156/2013/TT-BTC , cụ thể được bù trừ với tiền thuế còn nợ, tiền thuế phải nộp của kỳ tiếp theo hoặc xin hoàn.

Về chứng từ khấu trừ thuế TNCN, nếu doanh nghiệp đã lập và giao cho người lao động nhưng sau đó phát hiện sai sót thì phải thu hồi và lập lại chứng từ khác theo hướng dẫn tại khoản 4 Điều 4 Thông tư 37/2010/TT-BTC .

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp ngừng hoạt động, đã thực hiện xong thủ tục quyết toán thuế TNCN, nhưng không cấp được chứng từ khấu trừ thuế cho một số người lao động đã nghỉ việc thì những người này được miễn nộp chứng từ khấu trừ thuế khi quyết toán. Cơ quan thuế sẽ căn cứ cơ sở dữ liệu của ngành thuế để giải quyết.

Đồng thời, phải cấp chứng từ khấu trừ thuế cho người lao động để người lao động thực hiện quyết toán thuế TNCN.

Nếu cá nhân muốn xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ thuế thì bắt buộc phải tự làm văn bản đề nghị với cơ quan thuế theo hướng dẫn tại Khoản 2 Điều 37 Thông tư 28/2011/TT-BTC . Văn bản phải nêu rõ các nội dung sau: tên người nộp thuế, mã số thuế; số thuế phát sinh; số tiền phạt hành chính do vi phạm pháp luật thuế; số tiền thuế, tiền phạt đã nộp; số tiền thuế, tiền phạt còn nợ (nếu có)