Theo Tổng cục Thuế, trường hợp Công ty ký hợp đồng mua hàng với Công ty ở trong nước (hóa đơn do Công ty này phát hành) nhưng được chỉ định nhận hàng tại cảng từ một Công ty nước ngoài và trực tiếp làm thủ tục hải quan, khai nộp thuế khâu nhập khẩu thì số thuế GTGT đầu vào vẫn được khấu trừ nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện quy định tại khoản 10 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC .