Số thuế TNCN phải phân bổ cho từng tỉnh thành được xác định theo số thuế thực tế đã khấu trừ của từng cá nhân người lao động. Trường hợp người lao động được điều chuyển, luân chuyển thì căn cứ thời điểm trả thu nhập, người lao động đang làm việc tại tỉnh nào thì số thuế TNCN khấu trừ phát sinh được tính cho tỉnh đó.

Chi tiết về phương pháp phân bổ, thủ tục kê khai, nộp thuế TNCN thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 19 Thông tư 80/2021/TT-BTC .

Số thuế TNDN phải phân bổ cho địa phương có chi nhánh được xác định bằng (=) Số thuế TNDN phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh nhân (x) Tỷ lệ chi phí của chi nhánh trên tổng chi phí của công ty.

Trong đó, cần lưu ý, "Số thuế TNDN phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh" không bao gồm số thuế TNDN phải nộp của hoạt động được ưu đãi thuế.

Chi phí để xác định tỷ lệ phân bổ thuế là chi phí thực tế phát sinh của kỳ tính thuế và cũng không bao gồm chi phí của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế.

Theo đó, trường hợp Công ty có các Chi nhánh ngoài tỉnh kinh doanh về xây dựng, dịch vụ (không phải cơ sở sản xuất) thì không phải phân bổ (nộp) thuế cho địa phương có các Chi nhánh này.

Trường hợp Chi nhánh ngoài tỉnh đáp ứng quy định tại khoản 4 Điều 13 Thông tư 80/2021/TT-BTC thì có thể đăng ký khai, nộp thuế riêng tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp Chi nhánh.

Về thuế GTGT của công trình xây dựng cơ bản, theo quy định tại khoản 5 Điều 13 Thông tư 80/2021/TT-BTC , Kho bạc Nhà nước sẽ khấu trừ tiền thuế GTGT của các nhà thầu khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn cho chủ đầu tư.

Theo đó, các trường hợp thuộc diện phải phận bổ thuế GTGT được liệt kê tại Khoản 1 và 4 Điều 13, trong đó bao gồm các chi nhánh hoặc địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất, gia công, lắp ráp.

Thuế TNCN cũng được phân bổ cho chi nhánh dựa trên số người làm việc tại từng tỉnh

Theo đó, trường hợp Công ty kinh doanh lĩnh vực "Tư vấn quản lý" và có mở các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc ở ngoài tỉnh, không trực tiếp bán hàng hay cung ứng dịch vụ thì được kê khai, nộp thuế GTGT tập trung tại trụ sở chính, không phải phân bổ về các tỉnh.

(a) kinh doanh xổ số điện toán;

(b) kinh doanh chuyển nhượng BĐS, trừ trường hợp quy định tại điểm b khoản 1 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP ;

(c) kinh doanh lĩnh vực xây dựng;

(d) chi nhánh là cơ sở sản xuất (gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp), trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản 1 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP ;

(đ) nhà máy thủy điện nằm trên nhiều tỉnh.

Theo đó, nếu các chi nhánh ngoài tỉnh của công ty hạch toán tập trung tại trụ sở chính và không thuộc một trong các trường hợp kể trên thì công ty không phải phân bổ thuế GTGT cho địa phương chi nhánh hoạt động.

Tuy nhiên, theo Điều 14 Thông tư số 71/2020/TT-BTC và Khoản 5 Điều 1 Nghị quyết số 122/2020/QH14, dự toán ngân sách nhà nước được kéo dài (ổn định) từ năm 2020 sang 2021, do đó, quy định trên sẽ áp dụng từ năm 2022 trở về sau (mặc dù Nghị định 126/2020/NĐ-CP đã có hiệu lực từ 5/12/2020)

Cần biết thêm là việc phân bổ thuế cho đơn vị phụ thuộc theo quy định tại Khoản 2 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP nêu trên không áp dụng đối với doanh nghiệp siêu nhỏ (tức có dưới 10 lao động). Trường hợp khác, nếu Chi nhánh đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN thì cũng được miễn phân bổ số thuế phải nộp của Chi nhánh nếu hạch toán riêng được thu nhập

Theo đó, đối với chi nhánh ngoài tỉnh là cơ sở kinh doanh thương mại, dịch vụ, Công ty chỉ cần kê khai tập trung thuế TNDN tại trụ sở chính, không phải phân bổ thuế cho các tỉnh.

Tại Công văn số 13984/BTC-TCT ngày 7/12/2021, Bộ Tài chính đã khuyến cáo rằng phương thức phân bổ số thuế TNDN phải nộp cho các tỉnh nơi có đơn vị phụ thuộc theo Điều 17 Thông tư 80/2021/TT-BTC chỉ áp dụng với đơn vị phụ thuộc là "cơ sở sản xuất", không áp dụng với đơn vị phụ thuộc lĩnh vực ngân hàng, viễn thông, bảo hiểm....

Cần lưu ý rằng công ty mẹ không được phân bổ thuế TNDN cho các chi nhánh ngoài tỉnh đang hưởng ưu đãi thuế TNDN (Công văn số 3897/TCT-CS ngày 11/10/2021)

Các quy định về khai, nộp thuế tại Điều 17 Thông tư 80/2021/TT-BTC là được căn cứ theo Điều 45 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP . Trong đó, đã quy định rõ các trường hợp phải kê khai thuế riêng tại từng tỉnh nơi có hoạt động sản xuất, kinh doanh và các trường hợp phải phân bổ thuế TNDN cho từng tỉnh.

Số thuế TNDN phải nộp của chi nhánh trong thời gian hưởng ưu đãi sẽ được xác định trên cơ sở phần thu nhập phát sinh tương ứng tại địa phương chi nhánh trú đóng.

Kết thúc năm tính thuế, công ty phải quyết toán thuế TNDN với cơ quan thuế quản lý trụ sở chính theo quy định hiện hành.