Căn cứ Thông tư số 14/2021/TT-BTC ngày 18/2/2021 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh;

Căn cứ Thông tư số 184/2015/TT-BTC ngày 17/11/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục kê khai, bảo lãnh tiền thuế, thu nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, tiền phí, lệ phí, các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh và phương tiện xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh.

Khi Công ty nộp phí cho nhiều tờ khai, Hệ thống hải quan sẽ tự động trừ nợ theo nguyên tắc tờ khai phát sinh trước thì trừ nợ trước. 

Trường hợp Công ty nộp nhiều hơn so với nghĩa vụ, cơ quan hải quan hạch toán số phí hải quan nộp thừa vào tờ khai cuối cùng hoặc tờ khai 999999999 (10 số 9) để theo dõi. 

Trường hợp Công ty đề nghị trừ nợ cho tờ khai mới phát sinh thì liên hệ với cơ quan hải quan nơi có số tiền phí hải quan nộp thừa trừ nợ tiếp cho tờ khai mới phát sinh.

Trường hợp Công ty đã nộp phí hải quan nhưng Hệ thống hải quan chưa hạch toán trừ nợ phí hải quan thì đề nghị Công ty liên hệ với Chi cục Hải quan nơi nộp tiền phí hải quan để được hỗ trợ xử lý kịp thời.