Nghị định này quy định về đối tượng chịu thuế; áp dụng thuế suất nhập khẩu, xuất khẩu, thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; và miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu (Điều 1).

So với quy định cũ, Nghị định này có một số điểm mới đáng lưu ý như sau:

- Quy định rõ hàng XNK tại chỗ và hàng hóa của DNCX thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu, quyền phân phối cũng thuộc đối tượng chịu thuế (Điều 2).

- Bổ sung quy định nếu một mặt hàng có mức thuế MFN thấp hơn mức thuế FTA (ưu đãi đặc biệt) thì được ưu tiên áp dụng thuế MFN và phần chênh lệch nếu đã nộp sẽ được xử lý như tiền thuế nộp thừa (Điều 3).

- Bổ sung thêm quy định về định mức, hồ sơ miễn thuế đối với hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh; định mức, hồ sơ miễn thuế đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu là tài sản di chuyển, quà biếu, quà tặng. Đáng lưu ý là uy định mới có khống chế số lần miễn thuế đối với quà biếu, quà tặng không quá 4 lần/năm (Điều 8).

- Bổ sung quy định miễn thuế đối với hàng nhập khẩu, xuất khẩu để gia công, SXXK (Điều 10, 11, 12)

- Bổ sung quy định miễn thuế nhập khẩu 05 năm đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để sản xuất của dự án đầu tư thuộc ngành nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn đặc biệt khó khăn, doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp khoa học và công nghệ (Điều 15).

Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/9/2016 và thay thế Nghị định số 87/2010/NĐ-CP ngày 13/8/2010.

Bãi bỏ quy định về miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu tại các Quyết định: số 31/2015/QĐ-TTg ngày 04/8/2015, số 52/2015/QĐ-TTg ngày 20/10/2015, số 53/2013/QĐ-TTg ngày 13/9/2013 và Điều 7 Quyết định số 219/2009/QĐ-TTg ngày 01/10/2009.

Đính kèm các Phụ lục làm căn cứ xét miễn thuế: Danh mục và định lượng hàng hóa cần thiết cho nhu cầu công tác và sinh hoạt của cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự và cơ quan đại diện tổ chức quốc tế tại Việt Nam (Phụ lục I); Danh mục và định lượng hàng hóa cần thiết cho nhu cầu công tác và sinh hoạt của các thành viên, nhân viên của các cơ quan nêu trên (Phụ lục II, III); Danh mục bệnh hiểm nghèo (Phụ lục IV); Định mức miễn thuế hàng hóa mua bán trao đổi của cư dân biên giới (Phụ lục V); Danh mục các trang thiết bị y tế cần ưu tiên nghiên cứu, chế tạo (Phụ lục VI)