Theo đó, một số điểm cần lưu ý như sau:

- Đối với các quý của năm 2020, nếu có quý không phát sinh thuế TNDN phải nộp do nhận chuyển lỗ từ các năm trước thì được miễn tạm nộp thuế TNDN quý đó (Câu 3).

- Chi phí thuê khách sạn cho chuyên gia nước ngoài ở trong thời gian cách ly chỉ được chấp nhận nếu trong HĐLĐ có thỏa thuận việc trả thay tiền nhà (Câu 4).

- Chi phí của năm 2019 nếu quên chưa hạch toán thì phải khai bổ sung hồ sơ thuế TNDN của năm 2019, không được tính vào năm 2020 (Câu 7).

- Lương hiệu quả của năm 2020 nếu chi sau thời điểm quyết toán thì có thể sử dụng Quỹ dự phòng tiền lương, không tính vào chi phí của năm 2021 (Câu 7).

- Chi phí tiền lương của chuyên gia nước ngoài trong thời gian từ khi hết cách ly đến khi chờ cấp giấy phép lao động không được chấp nhận (Câu 12).

- Các TSCĐ phải tạm dừng sản xuất do dịch Covid-19 nếu tạm dừng dưới 9 tháng thì chi phí khấu hao vẫn được chấp nhận (Câu 15).

- Chi phí mua quà, bánh... cho người lao động nhân dịp lễ tết nếu không có quỹ phúc lợi để chi thì được hạch toán vào khoản chi phúc lợi theo khoản 4 Điều 3 Thông tư 25/2018/TT-BTC (Câu 22).

- Các chi phí đóng góp, ủng hộ phòng chống dịch Covid-19 có được hạch toán hay không phải chờ Nghị định của Chính phủ (Câu 30).

- Các doanh nghiệp siêu nhỏ nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu được miễn lập BCTC để nộp cho cơ quan thuế (Câu 31).

- Giao dịch thuê nhà của Giám đốc làm văn phòng không phải là giao dịch liên kết. Tuy nhiên, các giao dịch vay mượn tiền của Giám đốc có ít nhất 10% vốn góp bị xem là giao dịch liên kết (Câu 32).

- Doanh thu năm 2020 làm căn cứ xét giảm 30% thuế TNDN được xác định theo doanh thu tính thuế TNDN, không áp dụng theo doanh thu tính thuế GTGT (Câu 37).

....

Từ kỳ thuế 2021 trở về sau, việc quyết toán thuế TNDN đối với chi nhánh sẽ phải thực hiện theo quy định tại Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP .

Theo đó, ngoại trừ một số trường hợp nêu tại Khoản 1, 3, 4, 5 và 6 Điều 11 của Nghị định này, các trường hợp còn lại Công ty mẹ sẽ phải quyết toán thuế TNDN cho cả chi nhánh ngoại tỉnh và phân bổ số thuế phải nộp cho từng chi nhánh.

Tuy nhiên, nếu chi nhánh đang hưởng ưu đãi thuế TNDN thì số thuế TNDN của chi nhánh phải xác định riêng chứ không được phân bổ từ công ty mẹ. Nếu là chi nhánh của doanh nghiệp siêu nhỏ (dưới 10 lao động) thì cũng được miễn phân bổ

Nếu việc chuyển nhượng vốn góp dẫn đến phải thay đổi loại hình Công ty, nhưng Công ty mới vẫn kế thừa toàn bộ nghĩa vụ thuế của Công ty cũ thì được miễn khai quyết toán thuế TNDN tại thời điểm chuyển đổi, chỉ cần khai quyết toán năm như thường lệ (theo sửa đổi tại Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC)

Tuy nhiên, Công ty mới phải thực hiện lại việc khởi tạo hóa đơn và thông báo phát hành để sử dụng theo hướng dẫn tại Thông tư số 39/2014/TT-BTC

Việc phân bổ thuế TNDN cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất thực hiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 17 Thông tư 80/2021/TT-BTC .

+ Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh mẫu: 03-1A/TNDN, 03-1B/TNDN, 03-1C/TNDN ;

+ Phụ lục chuyển lỗ mẫu 03-2/TNDN ;

+ Phụ lục thuế TNDN được hưởng ưu đãi đối với doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư và cơ sở kinh doanh di chuyển địa điểm mẫu 03-3A/TNDN ;

+ Phụ lục thuế TNDN được hưởng ưu đãi đối với doanh nghiệp đầu tư mở rộng mẫu 03-3B/TNDN ;

+ Phụ lục thuế TNDN được hưởng ưu đãi đối với doanh nghiệp sử dụng nhiều lao động thiểu số và lao động nữ mẫu 03-3C/TNDN ;

+ Phụ lục tính nộp thuế TNDN của doanh nghiệp có các đơn vị sản xuất hạch toán phụ thuộc mẫu 03-8/TNDN ;

+ Phụ lục thuế TNDN đối với hoạt động chuyển nhượng BĐS mẫu 03-5/TNDN ;

+ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết mẫu số 01, 02, 03, 04 ban hành kèm Nghị định 20/2017/NĐ-CP ;

+ Báo cáo trích lập, điều chuyển và sử dụng Quỹ khoa học công nghệ .

Theo đó, đối với tờ khai quyết toán thuế TNDN năm 2018 vẫn kê khai theo mẫu 03/TNDN ban hành kèm Thông tư 151/2014/TT-BTC .

Tuy nhiên, lưu ý, trường hợp doanh nghiệp có kê khai bổ sung sau ngày hết hạn nộp tờ khai quyết toán thuế thì phải đính kèm mẫu số 01/KHBS theo tờ khai quyết toán.

Đối với Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp sẽ chọn 1 trong 3 mẫu sau để kê khai tương ứng theo từng ngành nghề kinh doanh: mẫu 03-1A/TNDN nếu kinh doanh ngành sản xuất, thương mại, dịch vụ; mẫu 03-1B/TNDN nếu kinh doanh ngành ngân hàng tín dụng; 03-1C/TNDN nếu kinh doanh chứng khoán.

Tuy nhiên, tổng số thuế TNDN đã tạm nộp của 04 quý không được thấp hơn 80% số thuế phải nộp theo quyết toán năm. Nếu doanh nghiệp tạm nộp ít hơn 80% thì phải chịu tiền chậm nộp tính trên số thuế nộp thiếu kể từ ngày tiếp sau ngày cuối cùng của thời hạn tạm nộp thuế quý 04 đến ngày liền kề trước ngày thực nộp số thuế còn thiếu.

Về doanh thu kê khai thuế TNDN đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh được xác định theo hướng dẫn tại Điều 7 Thông tư số 78/2014/TT-BTC .

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp có năm tài chính trùng với năm dương lịch thì hồ sơ quyết toán thuế TNDN phải nộp chậm nhất vào ngày 31/3 năm sau. Quá thời hạn này, doanh nghiệp bị xem đã thực hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế TNDN phải nộp (khai thiếu thuế) với mức phạt 20% tiền thuế thiếu.

Thời điểm vi phạm làm căn cứ xử phạt và tính tiền chậm nộp là từ ngày 1/4 (khoản 2 Điều 2 Nghị định số 129/2013/NĐ-CP )

Theo chính sách ưu đãi dành cho các hoạt động xã hội hóa, các Trường Đại học nếu đáp ứng quy định tại Điều 2 Nghị định số 53/2006/NĐ-CP thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN quy định tại Điều 8 Nghị định số 53/2006/NĐ-CP nhưng phải đăng ký với cơ quan thuế khi hoạt động làm căn cứ xác định ưu đãi về thuế quy định tại Điều 15 và Điều 19 Nghị định số 53/2006/NĐ-CP