Theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại các Công văn số 7526/BTC-TCT ngày 12/6/2013, 7527/BTC-TCT ngày 12/6/2013, 8318/BTC-TCT ngày 27/6/2013, 8319/BTC-TCT ngày 27/6/2013, doanh nghiệp nếu có những dấu hiệu hoặc thuộc các trường hợp sau thì bị xem là có rủi ro cao về thuế:
- Là doanh nghiệp xuất khẩu nông, lâm, thủy sản có hóa đơn mua hàng từ doanh nghiệp không có trụ sở tại nơi có nguồn nguyên liệu.
- Mới thành lập, đăng ký kinh doanh đa ngành nghề nhưng số vốn đăng ký thấp.
- Có quy mô kinh doanh bất hợp lý (vốn chủ sở hữu ít hơn quy mô kinh doanh trên 3 lần).
- Có giao dịch qua ngân hàng đáng ngờ (như thanh toán qua tài khoản vãng lai).
- Vi phạm pháp luật về thuế, hải quan trong vòng 24 tháng.
- Vi phạm sử dụng hóa đơn, chứng từ.
- Mua hàng hóa xuất/ nhập khẩu qua các khâu trung gian.
- Cơ sở vật chất (trụ sở, phương tiện vận tải, ...), lao động không tương xứng với quy mô kinh doanh.